发布作者：七人行（9805273@qq.com）
发布日期：2012-5-9

概述：

WHONET软件是WHO开发并推荐的用于管理细菌实验结果和数据分析的软件，它能方便快捷地对本医院或本地区的细菌耐药性监测数据进行诸多的统计分析，并通过数据库的交换，能促进不同医院或不同地区间的细菌耐药性监测工作的协作。但WHONET数据的录入对于信息量比较大的实验室来说往往是个瓶颈，目前最成熟的方案就是通过BacLink软件将数据转换成WHONET数据库。
ATB及VITEK捆绑的旗云系统在各级医院的实验室里有广泛的市场，它的数据导出需经过 “旗云系统的药敏数据导出”和“BacLink数据转换成WHONET数据库”两步骤，数据导出步骤需开发相应的软件来解决，而数据转换步骤需进行复杂的设置和代码的输入。

 

解决方案 ：

本解决方案的目是指导相关人员对旗云系统数据导出软件的开发和BacLink参数的设置。
本解决方案的内容包括4个部分：
1. 旗云数据库剖析
2. 数据导出格式及注意事项
3. BacLink设置
4. 附旗云（ATB版）代码

 

第一部分：旗云数据库剖析

---

旗云数据库为Access格式的数据库，文件名为：MicroData。
本解决方案涉及的表有：

表名	内容	涉及到的字段
ResultBill	患者信息	ReqNo（报告单编号）、RecDate（接收时间）、SamNo（标本编号）、SamTNo（标本种类代码）、BirDate（患者出生日期）、PName（患者姓名）、PatNo（病员号）、PSex（性别）、PAge（年龄）、AgeUnit（年龄单位）、PBed（床号）、DisNo（科室）。
ResultExe	细菌信息	ReqNo（报告单编号）、ExeNo（卡片编号）、MicName（细菌名称）
ResultMIC	药敏结果	ReqNo（报告单编号）、ExeNo（卡片编号）、AntiName（抗生素名称）、MicResult（药敏结果：MIC值）、MicExplain（药敏结果：解释结果）
District	科室字典	DisNo（科室编码）和DName（科室名称）
SamType	标本种类字典	SamTNo（标本种类编码）和SamName（标本种类名称）

五个表之间的关系如示意图：

 

第二部分：数据导出格式及注意事项

---

 数据导出时，应如上示意图，根据ResultBill表中的ReqNo字段读取ResultExe表中的细菌信息，再根据ResultExe表中的ReqNo和ExeNo字段读取ResultMIC中的药敏信息。

同时，根据ResultBill表中的SamTNo字段，读取SamType表中的标本种类名称；根据ResultBill表中的DisNo字段，读取SamType表中的科室名称。

生成数据文件时，每一条药敏信息，存为一行。每一行里，都需包括病人信息和细菌信息。数据字段之间，用“|”符号分隔。数据文件的第一行有数据字段名。示意图如下：

标本编号|标本日期|标本种类|病员号|姓名|性别|生日|年龄|病区|细菌名称|抗生素编号|抗生素名称|药敏类型|药敏结果 1204080017|2012-4-16|分泌物|350678|测试|男||3m|骨一科|金黄色葡萄球菌|PEN|青霉素|MIC|R 1204080017|2012-4-16|分泌物|350678|测试|男||3m|骨一科|金黄色葡萄球菌|TSU|复方新诺明|MIC|S 1204080017|2012-4-16|分泌物|350678|测试|男||3m|骨一科|金黄色葡萄球菌菌|GEN|庆大霉素|MIC|R 1204080017|2012-4-16|分泌物|350678|测试|男||3m|骨一科|金黄色葡萄球菌|ERY|红霉素|MIC|R 1204010107|2012-4-16|尿液|256474|赵一|男||50|内分泌|大肠埃希菌|AMO|阿莫西林|MIC|R| 1204010107|2012-4-16|尿液|256474|赵一|男||50|内分泌|大肠埃希菌|AMC|阿莫西林/克拉维酸|MIC|I 1204010107|2012-4-16|尿液|256474|赵一|男||50|内分泌|大肠埃希菌|PIC|哌拉西林|MIC|R| 1204010096|2012-4-16|血液|167564|李三|女|1976-7-9||消化内科|阴沟肠杆菌|AMO|阿莫西林|MIC|R 1204010096|2012-4-16|血液|167564|李三|女|1976-7-9||消化内科|阴沟肠杆菌|AMC|阿莫西林/克拉维酸|MIC|R

生成数据文件时的注意事项：

连续保存的相同患者信息和细菌信息的不同药敏，才会被BacLink转换成一条记录（一个菌株），如果不是连续保存的，当是穿插有其它细菌的药敏信息，那会被转换成多条记录。

导出字段PAge（年龄）时，需参考AgeUnit（年龄单位）的值：0代表“岁”、1代表“小时”用“h”标记、2代表“天”用“d”标记、3代表“月”用“m”标记。比如患者年龄为25岁，则导出的值应为“25”；如患者年龄是25天，则导出的值应为“25d”；如患者年龄是“12小时”，则导出的值为“12h”；以次类推。如果导出的值直接为“25天”，那BacLink会认为是“25”。

如果字段BirDate（患者出生日期）有数值，那BacLink进行数据转换时，患者的年龄将根据“生日”和“标本日期”来计算。

 

第三部分：BacLink设置

---

使用BacLink可以将上面生成的数据文件转换成WHONET数据库，下面将描述一下BacLink的设置：

启动BacLink后，点击“新格式”按钮，打开“文件格式”窗口。在此窗口内设置“国家”、“实验室名称”和“实验室代码”，这与WHONET的实验室设置一致。然后点击“文件结构”按钮，在打开的窗口里进行设置，如图：

然后，点击“抗生素”按钮，在打开的窗口里进行设置：

设置	内容
你的文件包括抗生素结果吗？	是
指南	CLSI
一株菌的抗生素需要多少数据行	多于一行
抗生素以何种顺序出现？	可变抗生素顺序
数据文件含哪些试验方法？	纸片扩散法、MIC
一行数据显示多少不同的试验方法	一种方法
数据文件的第一行有数据字段吗？	是

最后，点击“数据字段”按钮，在打开的窗口，进行导出数据文件中各字段和WHONET字段对照关系的设置。在此窗口，点击“选择标本数据文件”，选择一个数据文件后，如图，依次将左边的WHONET字段与右边的待导入数据字段点击选择后，再点击中间的“＝”按，将它们关联起来，如下图。最后，点击确认保存。

在本解决方案的附件中，提供了一个已做好配置的BacLink配置文件，文件名为：

FirstWhonet（ATB旗云数据）.cfg

把该文件复制至WHONET安装目录下，打开BacLink时，就会显示有名为“FirstSoft之ATB旗云数据导入”的文件格式。该格式文件可直接使用。

 

第四部分：附旗云（ATB版）代码

---

在附件中，同时提供了旗云ATB的抗生素代码库、细菌代码库和标本种类代码库，文件名分别为：

CodeDict_Antibiotic_FirstWhonet_ATBQiYun.txt

CodeDict_Organism_FirstWhonet_ATBQiYun.txt

CodeDict_Specimen_FirstWhonet_ATBQiYun.txt

把此三文件复制至WHONET安装目录下，运行BacLink做数据转换时，则不需要另外输入代码。

如果采用本解决方案提供的“FirstSoft之ATB旗云数据导入”文件格式转换数据，则不需要做任何设置。

如果采用自己的配置文件，则需在BacLink的文件格式栏点击“编辑格式”，在打开的窗口里，再点击“代码和日期”按钮，在随后打开的窗口中，把标本类型代码库、细菌代码库和抗生素代码库分别设置为本附件提供的三个文件就行了。

 

附三个代码的内容：

抗生素代码 ：

WHONET5 Antibiotic Code	Local Antibiotic Code	Antibiotic Name
AMK30	阿米卡星	阿米卡星 (CLSI,EUCAST-30ug)
FCT1	5-氟胞嘧啶	5-氟胞嘧啶 (CLSI,NEO-1ug)
AMX25	阿莫西林	阿莫西林 (CLSI,SFM-25ug)
AMX25	阿莫西林(肺炎链球菌)	阿莫西林 (CLSI,SFM-25ug)
AMC20	阿莫西林/克拉维酸	阿莫西林/克拉维酸 (CLSI,EUCAST-20/10ug)
AMP10	氨苄西林	氨苄西林 (CLSI,EUCAST-10ug)
AMP10	氨苄西林(肠球菌)	氨苄西林 (CLSI,EUCAST-10ug)
SAM10	氨苄西林/舒巴坦	氨苄西林/舒巴坦 (CLSI,EUCAST-10/10ug)
OXA1	苯唑西林	苯唑西林 (CLSI,EUCAST-1ug)
OXA1	苯唑西林(凝固酶阴性)	苯唑西林 (CLSI,EUCAST-1ug)
POL300	多粘菌素 E	多粘菌素B (CLSI-300units)
FUS10	夫西地酸	夫西地酸 (EUCAST-10ug)
NIT300	呋喃妥因	呋喃妥因 (CLSI,SFM-300ug)
VOR1	伏力康唑	伏立康唑 (CLSI-1ug)
FLU25	氟康唑	氟康唑 (CLSI-25ug)
SXT1.2	复方新诺明	复方新诺明 (CLSI,EUCAST-1.25/23.75ug)
ERY15	红霉素	红霉素 (CLSI,EUCAST-15ug)
CIP5	环丙沙星	环丙沙星 (CLSI,EUCAST-5ug)
CLI2	克林霉素	克林霉素 (CLSI,EUCAST-2ug)
QDA15	喹奴普汀/达福普汀	奎奴普丁/达福普汀 (CLSI,EUCAST-15ug)
RIF5	利福平	利福平 (CLSI,EUCAST-5ug)
RIF5	利福平 2	利福平 (CLSI,EUCAST-5ug)
STH300	链霉素(高浓度 )	高浓度链霉素 (CLSI-300ug)
AMB10	两性霉素 B	两性霉素B (NEO-10ug)
CHL30	氯霉素	氯霉素 (CLSI,EUCAST-30ug)
MEM10	美洛培南	美洛培南 (CLSI,EUCAST-10ug)
MNO30	米诺环素	米诺环素 (CLSI,EUCAST-30ug)
NET30	奈替米星	奈替米星 (CLSI,SFM,SRGA-30ug)
NOR10	诺氟沙星	诺氟沙星 (CLSI,EUCAST-10ug)
PIP100	哌拉西林	哌拉西林 (CLSI-100ug)
TZP100	哌拉西林/他唑巴坦	哌拉西林/他唑巴坦 (CLSI-100/10ug)
PEN10	青霉素	青霉素G (CLSI,SFM,DIN,SRGA-10units)
PEN10	青霉素(肠球菌)	青霉素G (CLSI,SFM,DIN,SRGA-10units)
PEN10	青霉素(肺炎链球菌)	青霉素G (CLSI,SFM,DIN,SRGA-10units)
PEN10	青霉素(链球菌)	青霉素G (CLSI,SFM,DIN,SRGA-10units)
GEN10	庆大霉素	庆大霉素 (CLSI,EUCAST-10ug)
GEH120	庆大霉素(高浓度)	高浓度庆大霉素 (CLSI-120ug)
TCY30	四环素	四环素 (CLSI,EUCAST-30ug)
TIC75	替卡西林	替卡西林 (CLSI,EUCAST-75ug)
TEC30	替考拉宁	替考拉宁 (CLSI,EUCAST-30ug)
TCC75	替卡西林/克拉维酸	替卡西林/克拉维酸 (CLSI,EUCAST-75/10-15ug)
FEP30	头孢吡肟	头孢吡肟 (CLSI,EUCAST-30ug)
CXM30	头孢呋辛	头孢呋辛 (CLSI,EUCAST-30ug)
CEC30	头孢克洛	头孢克洛 (CLSI,EUCAST-30ug)
CEP30	头孢噻吩	头孢噻吩 (CLSI,EUCAST-30ug)
CTX30	头孢噻肟	头孢噻肟 (CLSI,SFM,SRGA,BSAC-30ug)
CTX30	头孢噻肟(肺炎链球菌)	头孢噻肟 (CLSI,SFM,SRGA,BSAC-30ug)
CTX30	头孢噻肟(链球菌)	头孢噻肟 (CLSI,SFM,SRGA,BSAC-30ug)
CAZ30	头孢他啶	头孢他啶 (CLSI,SFM,SRGA,BSAC-30ug)
FOX30	头孢西丁	头孢西丁 (CLSI,EUCAST-30ug)
TOB10	妥布霉素	妥布霉素 (CLSI,EUCAST-10ug)
VAN30	万古霉素	万古霉素 (CLSI,AFA,SFM-30ug)
IPM10	亚胺培南	亚胺培南 (CLSI,EUCAST-10ug)
OFX5	氧氟沙星 2	氧氟沙星 (CLSI,EUCAST-5ug)
LVX5	左氧氟沙星	左旋氧氟沙星 (CLSI,EUCAST-5ug)
ITR8	依曲康唑	伊曲康唑 (CLSI,NEO-8ug)

细菌代码：

WHONET Organism Code	Local Organism Code	Organism Name
cal	白假丝酵母	白色念珠菌
aba	鲍氏不动杆菌	鲍曼不动杆菌
sep	表皮葡萄球菌 1	表皮葡萄球菌
sep	表皮葡萄球菌 2	表皮葡萄球菌
cbk	布氏柠檬酸杆菌	布拉克柠檬酸杆菌
eae	产气肠杆菌	产气肠杆菌
kox	产酸克雷伯菌	产酸克雷伯菌
eco	大肠埃希菌 1	大肠埃希菌
ppu	恶臭假单胞菌	恶臭假单胞菌
kpn	肺炎克雷伯菌肺炎亚种	肺炎克雷伯菌肺炎亚种
spn	肺炎链球菌	肺炎链球菌
cfr	弗氏柠檬酸杆菌	弗劳地柠檬酸杆菌
spf	腐败希瓦菌群	腐败希瓦菌
hpi	副流感嗜血杆菌	副流感嗜血杆菌
cgl	光滑假丝酵母	光滑念珠菌
spy	化脓链球菌	化脓性链球菌
smt	缓症链球菌	缓症链球菌
smt	缓症链球菌 1	缓症链球菌
kor	解鸟氨酸拉乌尔菌	解鸟氨酸拉乌尔菌
sau	金黄色葡萄球菌	金黄色葡萄球菌金黄亚种
bca	卡它莫拉菌	卡它摩拉菌
sul	科氏葡萄球菌解脲亚种	科氏葡萄球菌解脲亚种
bce	蜡状芽孢杆菌	蜡样芽胞杆菌
hin	流感嗜血杆菌	流感嗜血杆菌
slu	路邓葡萄球菌	路邓葡萄球菌
gmo	麻疹孪生球菌	麻疹孪生球菌
mmo	摩根摩根菌摩根亚种	摩根摩根菌摩根亚种
axy	木糖氧化无色杆菌	木糖氧化无色杆菌木糖氧化亚种
eav	鸟肠球菌	鸟肠球菌
sb2	牛链球菌Ⅱ型 2	牛链球菌II型
pvu	普通变形杆菌群	普通变形杆菌
pmi	奇异变形杆菌	奇异变形杆菌
ctr	热带假丝酵母	热带念珠菌
oan	人苍白杆菌	人苍白杆菌
sho	人葡萄球菌 1	人葡萄球菌人亚种
gha	溶血孪生球菌	溶血孪生球菌
sal	沙门菌属	沙门菌属
sat	伤寒沙门菌	伤寒沙门菌血清型
sti	豕链球菌	豕链球菌
efm	屎肠球菌	屎肠球菌
efm	屎肠球菌 1	屎肠球菌
pma	嗜麦芽窄食单胞菌 1	嗜麦芽窄食单胞菌
mlu	滕黄微球菌	藤黄微球菌
pae	铜绿假单胞菌	铜绿假单胞菌
pae	铜绿假单胞菌 2	铜绿假单胞菌
sca	头状葡萄球菌	头状葡萄球菌头状亚种
ssa	唾液链球菌	唾液链球菌
cne	新生隐球酵母	新生隐球菌
pce	洋葱伯克霍尔德菌	洋葱伯克霍尔德菌
ecl	阴沟肠杆菌	阴沟肠杆菌阴沟亚种
pfl	荧光假单胞菌 2	荧光假单胞菌
sma	粘质沙雷菌	粘质沙雷菌粘质亚种
sep	表皮葡萄球菌	表皮葡萄球菌
eco	大肠埃希菌	大肠埃希菌
efa	粪肠球菌	粪肠球菌
shl	溶血葡萄球菌	溶血葡萄球菌
pae	铜绿假单胞菌 1	铜绿假单胞菌

标本种类代码：

WHONET Specimen Code	WHONET Specimen Number	Local Specimen Code	Specimen Name
bi	19	胆汁	Bile? 胆汁
sp	3	痰	Sputum? 唾液,痰
bl	12	血浆	Blood? 血
fn	30	穿刺液	Aspirate, fine-needle
wd	21	创面	Wound? 创伤口
ab	15	腹水	Abdominal fluid
ur	11	尿液	Urine
pf	64	胸水	Pleural fluid
bl	12	血清	Blood? 血
se	60	分泌物	Secretion
cc	95	股静脉管	Catheter, central
cc	95	深静脉导管	Catheter, central
th	2	咽拭	Throatgf
no	1	鼻腔	Nose
cc	95	插管	Catheter, central
fi	50	肠道瘘口	Fistula
ea	5	耳分泌物	Ear
ba	63	肺泡灌洗液	Broncho-alveolar lavage
st	41	粪便	Stool
gf	53	宫颈分泌物	Genital, female
bo	61	骨	Bone? 骨
bm	62	骨髓	Bone marrow
jt	9	关节液	Joint
mu	43	肌肉	Muscle? 肌肉
sm	57	精液	Semen? 精液
cc	95	静脉管	Catheter, central
mo	7	口	Mouth? 口
ul	77	溃疡	Ulcer? 溃疡
ln	87	淋巴结	Lymph node
bn	37	脑	Brain
sf	13	脑脊液	Cerebrospinal fluid? 脑脊液
ca	91	尿导管	Catheter
ca	91	尿管头	Catheter
ps	24	脓液	Pus? 脓
sk	8	皮肤	Skin? 皮肤
tr	26	气管导管	Tracheal
gm	52	前列腺液	Genital, male
bl	12	全血	Blood? 血
ul	77	褥疮分泌物	Ulcer? 溃疡
wd	21	伤口拭子	Wound? 创伤口
ki	81	肾	Kidney
se	60	拭子	Secretion
gf	53	输卵管内容物	Genital, female
pl	54	胎盘	Placenta? 胎盘
di	92	透析液	Dialysis fluid
ga	16	胃管引流物	Gastric fluid
th	2	咽分泌物	Throat
ey	6	眼拭子	Eyes
va	34	阴道分泌物	Vagina
at	29	引流物	Aspirate
qc	99	质控	Quality control
ft	103	足分泌物	Foot
gf	53	白带	Genital, female