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    iLabLink2 操作指南


    一、软件概述:
    主要功能:把LIS导出的数据文件,自动转换成 WHONET格式数据文件,用于上传耐药监测网及耐药统计分析。

    特殊功能:

    · 集成多家MALDI-TOF-MS的鉴定结果,在WHONET原生2324个菌株“原生”代码基础上,增加了4308个“次生”代码(自定义代码),解决了部分MALDI-TOF-MS鉴定结果无法传输至WHONET的问题。

    · 集成了眼科10个特殊的标本类型(具体见后面介绍)。

    · iLabLink2自带的数据转换功能,能生成2个数据文件,一个为原生代码文件,用于CARSS等耐药监测网上传使用,另一个为次生代码文件,用于自己的数据分析。

    · 软件集成的实用工具中,可对安装的WHONET2024进行代码升级,升级后,可以分析带次生代码的数据文件,也可以使bacLink软件转换时支持次生代码。该升级可以一键恢复。

    · 实用工具可以对“旧”数据文件进行代码切换:原生代码 => 次生代码。

    · 实用工具可以对“新”数据文件进行代码切换:次生代码 => 原生代码。


    二、名词解释:

    · 原生代码:WHONET自带的代码。如“沙雷菌属”的代码为“se-”。

    · 次生代码:自定义的代码。本软件中,菌株次生代码为无WHONET原生代码的4308个MALDI-TOF-MS鉴定结果。标本类型为眼科中常用的10个标本类型代码。如“嗜线虫沙雷菌”找不到WHONET原生代码,本软件自定义其次生代码为“sn2”。

    · 保底代码:如上述例子的“嗜线虫沙雷菌”,如果采用“次生代码”转换数据文件,那则用次生代码“sn2”。但如果要从“次生代码”回滚到“原生代码”的话,因该菌无“原生代码”,则只能退回一步,采用“菌属”即“沙雷菌属”的代码“se-”进行转换。在本软件中,沙雷菌属代码“se-”即为嗜线虫沙雷菌的“保底代码”。


    三、软件界面:

    001.jpg


    四、次生代码的应用:

    1.菌株次生代码

    4308个菌株代码,可在本软件中直接查询,查询界面见下图。

    002.jpg

    查询结果如上图,标记“*”为“次生代码”,后附“保底代码”


    2.标本次生代码

    10个眼科特殊标本类型次生代码,见下表。

    003.jpg


    3.次生代码在 WHONET 中的应用

    本软件的“实用工具”栏有“WHONET2024 菌株/标本 代码升级”工具。该功能界面如下:

    004.jpg

    在上述界面中,用户可以打开 WHONET2024 的安装目录,对WHONET进行一键升级。升级后,也可点击“恢复”进行恢复。 

    WHONET升级后,bacLink转换时可支持次生代码,WHONET手工录入数据和数据分析时也能支持次生代码,具体界面如下:

    005.jpg


    4.次生代码在 数据文件 中的应用

    本软件的“实用工具”栏集成有对数据文件的代码进行“切换”的功能,即支持“原生代码”和“次生代码”之间相互切换。下面具体介绍:

    · 代码升级:原生代码 => 次生代码

    该功能支持的数据文件主要由 bacLink 或 ilabLink 转换的数据文件,即数据文件中应包含“LOCAL_ORG”和“LOCAL_SPEC”字段。本软件根据该两个字段储存的菌名和标本类型信息重新进行代码转换。

    注:转换后的文件名,附加“(次生+日期戳)”以区分。

    注:有次生代码的数据文件,不建议上传CARSS网,因为各耐药监测网目前不支持次生代码。

    · 代码回滚:次生代码 => 原生代码(保底代码)

    该功能把数据文件中的“次生代码”转换回“保底代码”,转换后的数据文件,可以上传CARSS网等各耐药监测网使用。

    注:转换后的文件名,附加“(原生+日期戳)”以区分。


    五、iLabLink2数据转换介绍:

    iLabLink2的数据转换功能与WHONET附带的bacLink软件类似,开发该软件主要为解决bacLink使用过程中的几处疼点:设置复杂、不能屏蔽阴性记录、无法识别中文年龄(如3月)等。


    1.源文件格式介绍:

    iLabLink2支持的源文件仅为文本格式,具体可参见另一文件《LIS导出供iLabLink转换的文件格式要求.pdf》,也可见下图:

    006.jpg

    如果LIS中按上述格式导出源文件,那iLabLink2无需进行设置可以直接进行数据转换,但如果格式稍有变更,用户可以重新设置。软件设置界面如下,设置操作与bacLink类似。

    007.jpg


    2.转换后数据文件介绍:

    iLabLink2转换后的数据文件同时有2个,一个为带原生代码的数据文件,另一个为带次生代码的数据文件,具体说明如下:

    · 原生代码数据文件:该数据文件中的菌株和标本代码,均为WHONET原生代码,可以直接上传CARSS网使用。不过,其中一些MALDI-TOF-MS鉴定的无WHONET原生代码的菌株,采用了“保底代码”,如菌属或分类的代码。

    · 次生代码数据文件:该数据文件中的菌株和标本代码,均为次生代码。此数据文件可用于“代码升级”后的WHONET分析使用。如果采用未升级的WHONET进行分析,其中一些次生代码可能无法被识别。

    原生代码文件 和 次生代码文件 中的代码,可以通过iLabLink2中的工具进行互相切换。

    iLabLink2在转换后的数据文件中,“菌株”信息增加了 “organism1”和“organism2”字段,前者储存“原生+次生”代码,后者储存“保底”代码,以供用户手动修改维护参考使用。

    同样的,iLabLin2也给“标本类型”信息增加了“spec_type1”和“spec_type2”字段,前者储存标本类型的“原生+次生”代码,后者储存“保底”代码,以供用户手动修改维护参考使用。


    六、iLabLink2数据转换步骤:

    1.选取 原始数据文件:


    008.jpg

    2. 选择 转换 参数:


    009.jpg


    3. 输入转换后数据文件的 文件名称:(可同时生成2个数据文件,原生代码文件用于CARSS网上传,次生代码文件用于自己耐药分析)

    010.jpg


    4.第一次转换,会发现未识别的代码,可点击“定义代码”进行设置。

    011.jpg


    5.导入预览,点“下一个”预览几次没问题后,会开始导入

    012.jpg


    6.导入结束

    013.jpg



    发布时间:2024/11/24 0:42:20 | 浏览次数: | 本文链接:http://www.WHONET.org.cn/list/174.html 打印本页 | 关闭窗口
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